evolutionary biology

A critical look at directional random walk modeling of sparse fossil data

本文通过模拟与实证分析指出，在化石数据测量误差较大的情况下，广义最小二乘法（GLS）比 Hunt（2006）提出的广义随机游走模型更适用于推断定向进化趋势，因为后者在步长方差难以估计（常需设为零）时会导致进化斜率被低估或高估。

Rapid adaptation follows experimental assisted gene flow in subset of annual monkeyflower populations

该研究通过景观尺度的实验证实，在部分受气候威胁的黄色猴花种群中，辅助基因流能在三代之内促进适应性等位基因渗入并提升适合度，尽管其效果受引入方式（种子或幼苗）及年际气候波动影响而呈现异质性，但并未引发严重的基因淹没问题，从而为这一保护策略提供了谨慎乐观的依据。

bifrost: an R package for scalable inference of phylogenetic shifts in multivariate evolutionary dynamics

Inferring hominin history with recurrent gene flow from single unphased genomes and a two-locus statistic

该研究开发了一种基于单倍型未定序单基因组的双位点统计推断框架，成功应用于古人类DNA分析，揭示了现代人类与尼安德特人之间两次基因交流、丹尼索瓦人祖先来自未采样谱系的渗入，以及早期欧洲农民祖先与尼安德特人基因交流缺失等关键演化特征。

An anaerobic Legionellales symbiont in Anaeramoeba pumila

该研究报道了厌氧阿米巴 *Anaeramoeba pumila* 中一种罕见的专性厌氧军团菌目共生体 *Candidatus Centrionella anaeramoebae* 的基因组特征，揭示了其通过水平基因转移获得宿主 GTPase 基因以操纵细胞骨架、利用底物水平磷酸化进行厌氧代谢，以及宿主共生体定位从共生体向微管组织中心转变等关键进化适应机制。

Long-term hybridization in a karst window reveals the genetic basis of eye loss in cavefish

该研究利用墨西哥卡巴洛莫罗喀斯特洞穴中罕见的长期自然杂交种群，结合全基因组测序与功能验证，首次鉴定出导致洞穴鱼眼睛退化的关键遗传变异——晶状体缝隙连接蛋白Cx50的错义突变，并证实该基因在多种穴居脊椎动物眼睛退化中具有趋同进化作用。

Early evolution of the prokaryotic transcription factor repertoire

该研究基于约 3000 个物种的大规模转录因子数据集，揭示了原核生物转录因子谱系在生命早期即已多样化并呈累积式演化，这与真核生物在复杂多细胞祖先处爆发式演化的轨迹形成鲜明对比，反映了两大超界在复杂性演化路径上的根本差异。

Retention of a female-specific growth hormone receptor gene correlates with reverse sexual size dimorphism in birds

该研究通过基因组分析发现，一种仅存在于雌性鸟类 W 染色体上的生长激素受体基因（GHR-W）在鹰、隼和猫头鹰等类群中得以保留，且其保留与这些鸟类中雌性体型大于雄性的“反向性二态性”特征存在显著相关性。

Strong reproductive isolation among sympatric lineages of an international mosquito pest

该研究利用群体基因组学方法揭示了澳大利亚蚊媒疾病传播媒介*Aedes notoscriptus*中存在三个高度分化的隐存谱系，发现国际入侵种群均源自单一谱系（VIC1），且该谱系与在墨尔本地区同域分布的另一谱系（VIC2）之间存在强烈的生殖隔离及针对杂交后代的自然选择，并鉴定出 VIC2 中一个巨大的染色体结构变异。

Polygyny carries costs in both sexes in Trinidadian guppies

该研究通过实验室实验发现，在 Trinidadian 孔雀鱼中，提高一夫多妻制程度虽然增加了雄性的高繁殖产出，但也导致其繁殖启动延迟，并显著增加了雌性的繁殖失败风险，表明雄性繁殖能力并非无限，且在高死亡率环境下适度的一夫多妻制可能更为有利。

Competition among freshwater clades explains cave colonization in blind cavefishes

该研究通过开发基于系统发育的种间竞争分析方法，整合北美盲鳉的演化历史与多维生态特征，证实了鲈形目底栖鱼类（darters）是驱动其反复向洞穴环境进化的主要竞争者，从而为利用现生类群数据检验宏观进化中的生态竞争机制提供了通用框架。

The Monophyly of Nycteria and Polychromophilus Parasites A Missing Piece in the Evolution of Malaria and Other Haemosporida

该研究通过整合近完整的线粒体基因组与核基因数据，证实了蝙蝠专性疟原虫属 Nycteria 和 Polychromophilus 构成一个单系群，并揭示了完整线粒体基因组在解决血孢子虫深层进化关系及分子定年中的关键作用。

Lateral gene transfer introduced the microbial anaerobiosis-related gene rquA into early animals

该研究揭示淡水海绵通过水平基因转移从微生物获得了厌氧代谢关键基因rquA，使其能够合成延胡索酸呼吸所需的核黄素醌，从而增强了其对低氧环境的适应能力。

Re-evaluating the eukaryotic Tree of Life with independent phylogenomic data

该研究利用一个与以往数据集重叠度极低且富含标记的独立基因组数据集重建了真核生物生命树，在确认大多数主要超类群的同时揭示了部分类群（如 Telonemia 和 Ancyromonadida 等）的新系统发育位置，从而强调了分析独立系统发育基因组数据对于解决深层进化关系的重要性。

A reassessment of positive growth effects of expressed random sequence clones in E. coli

该研究通过严谨的对照竞争实验证实，部分随机序列克隆确实能为大肠杆菌提供真实的生长优势，从而有力支持了随机序列在从头基因进化中产生适应性功能的观点。

Mothers face immediate, but family-size dependent, costs of sons in preindustrial Finland

这项基于 5456 名前工业时期芬兰母亲的研究发现，虽然拥有更多儿子对子女较少母亲的短期生存率影响不明显，但在子女数量较多时，儿子数量增加会显著降低母亲在最后一次生育后一年内的生存率，表明养育儿子存在累积的生理成本，且以往聚焦于绝经后母亲的研究可能低估了这种短期适应性代价。

Lineage-Specific Venom Gene Expression Shapes Chemical Diversity in Cephalopods

该研究通过多模态方法揭示了仅知于金乌贼的 SE-CTX 蛋白实为一种在十腕类头足动物中广泛存在且经历谱系特异性多样化的新型毒液基因家族（deca-ctx），从而阐明了头足类毒液系统的化学多样性起源及其在特化分泌细胞中的表达机制。

Transcriptomic insights into triploid seed failure in Arabidopsis arenosa natural populations

该研究通过转录组分析揭示了自然种群中三倍体拟南芥（Arabidopsis arenosa）种子败育的分子机制，发现印记基因失调及内胚乳和种皮中反复出现的类病原体防御信号通路异常是造成“三倍体障碍”的关键因素。

Social immunity as a driver of life-history evolution in eusocial species

该研究提出一个流行病学模型，指出病原体群落的组成（特别是是否存在慢性寄生虫）通过驱动社会性免疫策略的演化，决定了真社会性物种中是否会出现繁殖者与工蚁之间的寿命分化，从而解释了从裸鼹鼠的无衰老现象到其他物种中工蚁早衰的多样化寿命表型。

Reproductive morph specialisation facilitated by a maternal sex-determining region in a fungus gnat (Bradysia coprophila)

该研究揭示了真菌蚊（*Bradysia coprophila*）中由母体遗传决定的性别决定机制促使雌性分化为产生全雌或全雄后代的两种生殖形态，并证实这些形态在生活史特征、基因表达及母体营养供给策略上发生了适应性特化，从而将生殖特化的核心原理扩展至母体性别决定系统。